Il Museo della Misericordia nasce nel 1975 per raccogliere i reperti dell’attività sociale svolta dalla Confraternita nel territorio di Anghiari. Dal 1564, la Compagnia detta allora “dello Spirito Santo” si dedicava ad attività caritatevoli ed assistenziali. In particolare durante l’epidemia di tifo del 1817, periodo nel quale i membri aggiunsero il cappello al loro abito, simile a quello della Misericordia di Firenze. Per questo motivo fu chiamata anche Confraternita di Misericordia. Nel 1870 fu fondato l’Ospedale della Misericordia.
Il museo è allestito nell’antica Badia, ex chiesa di San Bartolomeo Apostolo e sede storica della Compagnia della Misericordia dal 1817. I suoi ambienti sono di notevole pregio artistico, con affreschi del quattrocento sulle pareti, oggi ammirabili solo in parte. L’esposizione, che comprende anche la saletta delle bacheche e la saletta degli archivi, accoglie cimeli provenienti dal vecchio Ospedale della Misericordia; come antichi carri-lettigae vestimenti usati dai Confratelli della Misericordia nell’800; gli antichissimi statuti manoscritti delle precedenti Confraternite e alcune preziose reliquie.